Cara,
pelo jeito que vc escreveu vc já decidiu pela comet, então vai fundo, pega a motoca e seja feliz!
seguindo o manual, fazendo as trocas de fluidos e as manutenções tudo certinho não vejo grandes problemas com a comet.
talvez os pontos negativos sejam uma dificuldade na revenda futura da moto (com uma desvalorização um pouco maior que de outras motos dependendo do modelo e marca) e (isso é uma suposição) um pós-venda um pouco mais deficitário (comparando com outros modelos e marcas) em razão de menor quantidade de concessionárias (e por conseguinte menor estoque de peças), mas não vejo isso como GRANDES problemas que impeçam de comprar a moto
é bom você trocar idéia com outros usuários dessa comet para descobrir se não teve algum lote com problema ou se existe alguma falha crônica desse modelo (exemplo: cbr1000 2008 - muitas que eu conheço vazam/baixam óleo bem mais que o normal)
o grande problema que eu vejo nisso ai é que essa moto TALVEZ não seja a mais indicada para viagens frequentes de 650km. Não pelo modelo em si, mas pela velocidade de cruzeiro reduzida, falta de suspensão mais elevada, posição não muito confortável para muitas horas de pilotagem, posição do garupa não é muito boa, etc...
lembre-se que viagens de 650 km exigem uma moto com velocidade de cruzeiro na faixa de 140/150km/h (além disso vc precisa acelerar a moto mais que o normal em alguns casos, como ultrapassagem, subidas íngremes, bagagem, garupa, etc...), senão você vai continuar achando "tenso" como hoje em dia disse que acha com a cbx200... imagina um dia pegar chuva, ou a viagem atrasou e vc teve que viajar de noite, ou com garupa... etc...
já pensou em uma trail? elas tem suspensões mais adequadas para as nossas estradas esburacadas...
a gs500 (embora eu recomendo vc procurar uma moto mais nova possível, quase zero km) é uma boa indicação, possui velocidade de cruzeiro boa, é confortável, dá pra levar garupa, possui bons estoques de peças (muitas peças dela são as mesmas de outros modelos ainda em fabricação), etc...
a ninjinha talvez seja uma boa pedida para vc (ela possui boa velocidade de cruzeiro, posição até confortável embora seja uma esportiva de baixa cilindrada, porém tem que ver se existe CC kawasaki ai na sua região). O ruim dela é que vai mudar de modelo no inicio de 2013 e dai sua moto vai desvalorizar... ou talvez isso seja UMA VANTAGEM porque assim vc vai poder comprar uma ninjinha 2012 250 com preços ainda mais baixos! Ou ainda vc pode esperar e encarar uma ninjinha 2013 zero!
outras opções seriam cb300, fazer (ambas vc já descartou), xre300, teneré 250 (ambas trails que podem pegar estrada com certo conforto), porém essas quatro ultimas opções para rodar 650 km frequentemente não são muito recomendadas
o problema é a falta de opções no Brasil para motos de média cilindrada, talvez se vc partir para uma xt660 o salto ($$$) seja grande; xt-600 talvez não encontre motos em boas condições; mt-03 é uma ótima moto, mas difícil de encontrar; bandit 600 usada nem sempre está inteira; quatro cilindros mais antiga pode ter sido "judiada" pelos antigos proprietários (estouro de giro, burnout, falta de manutenção adequada, hodômetro adulterado, etc...); a falcon seria uma boa opção e está com bons preços (é uma ótima moto de média-baixa cilindrada para pegar estrada); xtz250x e d-tracker são motards e não são indicadas para quem vai viajar muito...
boa sorte ai na escolha e compra da motoca...